במקום מרחבי לימוד שונים: מרכז קיימות ואיכות הסביבה, סדנת אומנות סביבתית , חדר בוטני וחדר זואולוגי, פינת חי, סוכות עץ פתוחות, חממות, מכוורת דבורים, פרדס וכרם.
תלמידי בי"ס בגין משתלבים זו שנה שלישית בפעילויות קבועות בחווה. התלמידים מגיעים לחווה ולומדים עם צוות מקצועי ומסור, מורים מתחום מדעי הטבע, החקלאות והסביבה אשר עובדים בשיתוף פעולה הדוק עם צוות ביה"ס.
בכל שבוע מגיעים תלמידי בי"ס "בגין" לחווה לפעילויות מגוונות ייחודיות הכוללות למידה פעילה חוץ כיתתית. הם לומדים להכיר את הסביבה הטבעית ומתנסים בעבודות חקלאיות כגון: שיטות ריבוי, זריעה ושתילה מעקב אחר מחזור חיי הצמח ועוד. התלמידים מתנסים בתהליכי חקר ועוסקים תצפיות איסוף נתונים, מעקב, העלאת השערות והסקת מסקנות.
התלמידים מתנסים באמנות סביבתית המשתלבת עם תכני השיעור תוך כדי שילוב חומרים מן הטבע וחומרים ממוחזרים מתוך בנק החומרים בסדנת האמנות בחווה.
במסגרת לימודי הסביבה החווה מרחיבה את פעילותה ותלמידי בי"ס בגין יוצאים לסיורים להיכרות עם הסביבה הקרובה, אזור שפלת יהודה. הסיורים הם חלק מהמערך הלימודי השוטף. כל בוגר מבי"ס בגין זוכה לבקר וללמוד ב-14 אתרים בבית שמש וסביבתה במסגרת תכנית ייחודית אשר משלבת את התלמידים בלמידה מקדימה ושותפות בהדרכה בסיורים. התלמידים עוסקים בהיכרות עם האתר במגוון תחומים: בוטניקה, היסטוריה, ארכיאולוגיה, גיאוגרפיה, מורשת קרב ומורשת ישראל. התלמידים מטיילים נהנים לומדים ומתחברים בדרך ייחודית זו לסביבה היפה המקיפה אותנו.
